Configurar STRIPE Shopify: en la actualidad ya NO tienes la opción de añadir directamente Stripe en tu panel de control Shopify, pero has de saber que si activas "Shopify Payments" estás utilizando realmente Stripe, sólo que Shopify ha creado una interfaz (capa de alto nivel) encima de la pasarela de pago Stripe, por lo que indirectamente SÍ la estás utilizando.
Con independencia de lo anterior, lo que SÍ puedes hacer es aparte crearte una cuenta en Stripe, generar enlaces de pago (para suscripciones por ejemplo), y añadirlos manualmente a tu tienda. Las transacciones por esta vía no pagan comisiones a Shopify. Si necesitas ayuda con esto sólo tienes que contactarme.